Filho de um pequeno comerciante algarvio, foi para Coimbra em 1849 matricular-se em Direito, tendo levado dez anos a concluir a sua formatura, pelo que teve ocasião de fazer amizade com Antero de Quental, que, em 1860, já nele saudava «o poeta mais original do seu tempo». Boémio, generoso, irónico, irreverente, improvisando poemas que acompanhava à guitarra, a sua personalidade fascinou sucessivas gerações de estudantes. Colaborou numa série de jornais (Estreia Literária, Ateneu, Prelúdios Literários, Académico, Fósforo, etc.), e, em 1869, um grupo de amigos conseguiu elegê-lo deputado por Silves, tendo-se mudado de vez para Lisboa. Mas a política pouco o interessava e esses primeiros anos em Lisboa foram difíceis, tendo tido de recorrer a vários expedientes para sobreviver. Datam dessa época as suas traduções de comédias de Méry compondo também, por encomenda, poemas para festas de caridade. Embora pertencendo à 2ª. geração romântica de um João de Lemos e de um Soares de Passos, João de Deus é um poeta isolado e dissidente dos ideais estéticos de O Novo Trovador. Num artigo que publicou em O Bejense, em 1863 (escrito contra certas afirmações de Castilho que introduziam o D. Jaime de Tomás Ribeiro), fazia a primeira condenação pública da escola ultra-romântica, defendendo um lirismo «purificado», ligado à tradição dos cancioneiros galego-portugueses, às cantigas populares do romanceiro e a certos aspectos do Camões lírico. Escrevendo «com uma mão no coração», não se encontra na sua poesia nada de tétrico ou de lamuriento. Servindo-se de um vocabulário restrito, em que aparecem repetidamente palavras como lua, ave, nuvem, perfume, lágrima, exprime os sentimentos de um modo espontâneo e directo, quase infantil, numa linguagem muito próxima da oralidade. É um poeta do amor-adoração e a sua poesia não é mais do que a sublimação dos impulsos eróticos. Não canta cada mulher que cruza a sua vida mas a Mulher, numa ascese que, superando a materialidade, aspira a «tudo o que é belo e estável», sem nunca se desprender completamente do seu apoio concreto e sensual. Formalmente recupera o soneto desprezado pelos românticos e cultiva quase todas as formas poéticas, desde a ode à elegia, dando uma nova vida às formas tradicionais de redondilha maior ou menor, no que, de certo modo, preparou o advento da poesia moderna. A sua bondade inata fá-lo sensível aos problemas da educação e, na esteira de Castilho, publicou, em 1876, a sua famosa Cartilha Maternal, método racional e sensível de ensinar a ler, que foi para muitas gerações o método oficial de leitura nas escolas. Homenageado pela nação inteira em 1895, os seus funerais, em 1896, tiveram a dimensão de acontecimento nacional.